Dwa miesiące przed wprowadzeniem stanu wojennego został aresztowany przez czechosłowackie Służby Bezpieczeństwa i skazany na dwadzieścia jeden miesięcy więzienia za nielegalny pobyt na terytorium Czechosłowacji.

Po powrocie nie porzucił działalności antykomunistycznej. Współpracował z Bogdanem Borusewiczem. Wiosną 1984 r. wstąpił do "SW" i został członkiem a później przewodniczącym Komitetu Wykonawczego. Wraz z Ewą Kubasiewicz i przyjaciółmi utworzył Oddział Trójmiasto "Solidarności Walczącej" . Po aresztowaniu B. Borusewicza staje się najbardziej poszukiwanym przywódcą podziemia w Trójmieście. W styczniu 1988 r. zostaje aresztowany przez SB.
Dzięki współdziałaniu episkopatu Polski z władzami PRL został zmuszony z Kornelem Morawieckim w kaju 1988 roku, do wyjazdu do Włoch.
Zostali tam przyjęci na osobistej audiencji przez Papieża, co przeczyło rozpowszechnianej przez władze tezie, że są terrorystami.


Po spotkaniu tym Andrzej napisał:


"Tacy ludzie są nam potrzebni..."

                Takimi słowami przywitał mnie i Kornela Morawieckiego Papież Jan Paweł II podczas audiencji 3-go maja 1988 roku po mszy porannej w Watykanie. Zbyt wielkie wzruszenie i doniosłość chwili (wydarzenia) sprawiły, że nie zapamiętałem co Ojciec Święty mówił dalej. Prawie temu nie dowierzałem, bo przecież jeszcze trzy dni temu jadłem śniadanie w celi aresztu śledczego przy ul. Rakowieckiej w Warszawie i miałem przed sobą raczej niewesołą perspektywę. 

                Na Rakowiecką trafiłem w styczniu 1988 roku, kiedy to po kilkuletnich poszukiwaniach zostałem aresztowany przez Służbę Bezpieczeństwa w Gdańsku i natychmiast przewieziony do Warszawy. Działałem wówczas w Solidarności Walczącej a ściślej byłem Przewodniczącym Komitetu Wykonawczego tej organizacji.  

                Po wielu latach działalności najpierw opozycyjnej, doświadczeniach czechosłowackiego więzienia a potem działalności konspiracyjnej rutynowe przesłuchania nie robiły na mnie wrażenia a wręcz były nudne. Na wszystkie zadawane mi pytania miałem tylko jedną odpowiedź; "odmawiam odpowiedzi na pytanie".  

                Tak było do pewnego momentu. Gdzieś końcem marca 1988 roku nagle prowadzący przesłuchania oficer zmienił ton i zaczął utyskiwać na trudną sytuację gospodarczą w kraju i skomplikowany układ geopolityczny położenia Polski.  

                Natychmiast zapaliło mi się światełko ostrzegawcze. Zrozumiałem, że zaczyna się jakaś gra. Co najmniej od trzech lat wiedziałem, że z niektórymi przywódcami podziemnej "S" po aresztowaniu prowadzone są rozmowy mające na celu pozyskanie ich dla bliżej nieokreślonego porozumienia z władzą. Nie było dla mnie tajemnicą, iż podobne działanie podjęli niektórzy liderzy lewicowej opozycji warszawskiej tzw. "warszawki". (Pisałem o tym w artykule „Pułapka” w październiku 1986 roku na łamach biuletynu "Solidarność Walcząca oddział Trójmiasto").  

Już po kilku dniach było jasne dla mnie, że to jest próba wysondowania czy jestem w stanie przystąpić do takiego układu. Wsłuchiwałem więc tych wywodów ze znudzoną miną aż do momentu, w którym stanowczo oświadczyłem, że nie pójdę w ślady Lisa i Michnika. Skończyły się miłe rozmowy, korespondencja i wizyty adwokata.  

Tak było do 29 kwietnia 1988 roku.  

                W środku nocy zostałem wyrwany z więziennego "wyrka" i wyprowadzony na korytarz. Kątem oka dostrzegłem strażników z długą bronią. Noc, strażnicy z kałasznikami - co miałem myśleć, gdy prowadzili mnie pod lufami wzdłuż korytarza? Nic..  

                Wielce byłem zdziwiony, gdy wprowadzono mnie do jasnego pokoju, w którym siedziało kilku cywilów. Zapewne jakiś sąd - pomyślałem. Przeszedłem coś podobnego w czeskim więzieniu, gdy sądzono mnie za bunt. Ale tu nic takiego. Milutkie "proszę siadać" i inne grzeczności i naraz tekst: „Panie Kołodziej jutro razem z kolegą P. Morawieckim wyjeżdżacie do Włoch. To jest przedstawiciel episkopatu, to przedstawiciel konsulatu a tu jest pański paszport...”  

 Tak dowiedziałem się o wyjeździe z kraju.  

Rano wsadzili nas do samochodów i zawieźli na lotnisko. Tu spotkaliśmy się z bliskimi i odmówiliśmy wejścia na pokład samolotu. Konsternacja. Bezpieka nie wiedziała co począć, ale po godzinie przewieźli nas ponownie na Rakowiecką. Ulokowali nas w gabinecie naczelnika gdzie ks. Orszulik i prof. Stelmachowski przekonywali nas do konieczności wyjazdu. Ich argumenty nie robiły na nas wrażenia wiec użyli szantażu wobec Kornela obciążając go odpowiedzialnością za nieleczenie mojej rzekomej choroby nowotworowej.

                Zastanawiałem się wówczas - po której oni są właściwie stronie? Niczym nie różnili się od ubeków.
                Tak oto wieczorem ponownie znaleźliśmy się na lotnisku Okęcie. Bezpieka we Wiedniu zdjęła nam kajdanki i dostaliśmy paszporty. Dalej eskortował nas ksiądz prałat Z. Sawiński. Przed północą jedliśmy wykwintną kolację w Watykanie.
Wszystko odbywało się tak szybko i było niewiarygodne, jakby film.

Ale teraz, 3 maja 1988 roku byłem tu fizycznie i stałem przed Ojcem Świętym, który coś do mnie mówił…

Kilka godzin po audiencji u Papieża pojechałem z Kornelem na lotnisko w Rzymie. Nie przyjęto go na pokład polskiego samolotu, który odlatywał do warszawy pomimo wcześniejszej rezerwacji miejsca. Już wiedzieliśmy, że do Polski go nie wpuszczą.

                Takie były czasy.

                Kornel odleciał do Frankfurtu a ja udałem się do kliniki na badania. Wypuszczono mnie z stamtąd po miesiącu udzielając mi jedynie informacji, że choroby nowotworowej nie stwierdzono. Niestety wyników badań nie odzyskałem. Lekarz zalecił mi jedynie leczenie farmakologiczne.

                Po kilku dniach wraz z Alfredem Znamierowskim (ówczesny korespondent Głosu Ameryki w Rzymie) postanowiliśmy coś napisać. Tak w krótkim czasie powstała książka "Zaciskanie Pięści czyli rzecz o Solidarności Walczącej". Zanim książka ukazała się to ja już wcześniej nielegalnie znalazłem się w Paryżu. Odbyłem kilka spotkań z przedstawicielami Polskiej Emigracji ale najważniejsze były dla mnie rozmowy z Redaktorem Kultury Jerzym Giedroyciem.

                W długich rozmowach przedstawiałem mu obraz i sytuację niezależnych ugrupowań politycznych w kraju. Z niedowierzaniem słuchał gdy mówiłem o próbach przygotowywanego porozumienia pomiędzy komuną a częścią opozycji. Znałem wiele faktów świadczących o tych przygotowaniach ale gdy sugerowałem, że najprawdopodobniej w rocznicę strajku sierpniowego zostanie sprowokowany strajk a jego jedynym efektem będzie zgoda na podjęcierozmów pomiędzy częścią opozycji a komunistyczną władzą to poprosił mnie abym to napisał.

Tak oto wczerwcu 1988 roku napisałem artykuł "Współrządzić czy konspirować".

                Niestety nawet jak na Redaktora Kultury był zbyt śmiały i daleko wybiegający w mające nastąpić zdarzenia i pozostał w redakcyjnej szufladzie. Dopiero gdy naprawdę sierpniowy strajk 88 roku zakończył się propozycją rozmów z Kiszczakiem zdenerwowany Redaktor zadzwonił do mnie, a byłem już w Turynie z pytaniem czy może opublikować ten tekst jako że teraz daje wiarę w to, iż ta cała gra miała nacelu uwiarygodnienie paktu. Polskie społeczeństwo miało uwierzyć, że przygotowane wcześniej porozumienie z komuną jest zdobyczą wywalczoną strajkiem, że to ich sukces a nie od lat przygotowywana komunistyczna intryga.

Tak oto zrodziła sie idea "Okrągłego stołu" w szczegółach przygotowana dużowcześniej wpotajemnych spotkaniach części tzw. opozycji z Kiszczakiem.

                To porozumienie gwarantowało nietykalność czerwonym.

Dzisiaj nikt nie chce pamiętać że popierał okrągły stół a tak naprawdę to Solidarność Walcząca była jedyną organizacją która odrzucała i napiętnowała tę ideę a mówiliśmy o tym głośno jeszcze zanim doszło do formalnych spotkań. Tylko dlatego z Kornelem zostaliśmy wywiezieni z kraju, bo jako jedyni przywódcy podziemia odrzuciliśmy z założenia porozumienie z komunistami.

Solidarność Walcząca chciała pokonać komunizm a nie układać się znim.